Государственная вневедомственная экспертиза проектов, как правило, проводится в течение девяноста рабочих дней с момента подачи заявления на проведение экспертизы. Регламент ее проведения, прежде всего, включает в себя принятие документации и присвоение ей порядкового номера. Затем в течение двадцати пяти рабочих дней проводится сама экспертиза проекта, а также экспертами подготавливаются замечания. Если есть необходимость предоставить к исследованиям дополнительные расчеты, изыскания, дополнительные разделы проектной документации, либо требуется полностью переработать тот или иной раздел, направляется письменный запрос заказчику экспертизы.

В соответствии с регламентом проведения государственной вневедомственной экспертизы проектов, дополнительные материалы предоставляются через сектор предварительного исследования проектно-сметной документации с их регистрацией и внесением в список принятых материалов. Если предоставленных материалов недостаточно для проведения экспертизы, проектная документация возвращается заказчику. После проведения исследований, ведущий эксперт подготавливает замечания — предварительное заключение, в которое затем вносятся замечания заказчика экспертизы. Далее в соответствии с замечаниями, в соответствующие разделы проектной документации вносятся коррективы, и она передается для подготовки экспертного заключения. После того, как сняты все замечания по проекту, ведущим экспертом проверяются внесенные в проектную документацию изменения.

Кроме того, эксперт делает отметку о снятии всех замечаний по этому разделу. Затем исправленный экземпляр проектной документации направляется для подготовки комплексного экспертного заключения. Следующим этапом государственной вневедомственной экспертизы проектов является подготовка и оформление окончательного экспертного заключения. После того, как окончательное экспертное заключение составлено и оформлено соответствующим образом, заказчику экспертизы передается вся проектная документация. Если экспертное заключение оказалось отрицательным, в него должны быть включены лишь неснятые замечания. В завершении дело по проведению государственной вневедомственной экспертизы проектов закрывается и передается в архив.