Прежде чем внедрить инновационный проект необходимо осуществить комплексную экспертизу, целью которой является определение его эффективности. Выбирая направление реализации инновационного процесса и принимая решение об инвестировании, требуется оценка возможной значимости каждого варианта осуществления проекта для определения оптимального варианта. Чтобы определить, насколько эффективным окажется инновационный проект, проводится государственная экспертиза инновационных проектов. Экспертная оценка проводится по экономическим, научно-техническим, социальным и экологическим показателям проекта. На основании результатов экспертизы принимается решение об объеме финансирования и целесообразности инвестиционного проекта.

В настоящее время существуют три метода государственной экспертизы инновационных проектов — сопоставительная экспертиза, сравнение положений до и после и описательный метод. Последний наиболее широко распространен во всем мире. Суть описательного метода заключается в рассмотрении возможного воздействия результатов реализуемого проекта на ситуацию на рынке тех или иных услуг или товаров. Этот метод дает возможность прогнозировать побочные процессы, обобщить полученные результаты. Однако описательный метод не позволяет корректно сопоставить альтернативные варианты. Используемый при проведении государственной экспертизы инновационных проектов метод сравнения положений до и после дает возможность учитывать как качественные, так и количественные показатели проектов.

Недостатком этого метода является высокая вероятность субъективной трактовки прогнозов и информации. Сопоставительная государственная экспертиза инновационных проектов заключается в сравнении положения организаций и предприятий, не получающих государственного финансирования и получающих его. Этот метод основан на сравнимости возможных результатов реализуемого инвестиционного проекта. Данный метод используется во всех странах с развитой экономикой. К недостаткам сопоставительного метода можно отнести невозможность его применения при разработке долгосрочных приоритетов государственной политики. Преимуществами и недостатками тех или иных методов экспертизы инновационных проектов обусловлен тот факт, что чаще всего используются комбинированные методы экспертизы.